FeyFre
Файлы были UTF8, пробовал и Win1251.
Странно, может, плагин какой гонит...
Причина, похоже, найдена
Причину, вроде, нашел, не знаю, считать ли это багом или нет. Получается так. Под Mac OS X стоит VirtualBox с Win2003, присоединен как сетевой диск SharedFolder. Так вот на этом "сетевом" диске если открыть файл и удалить в конце что-нибудь, то при сохранении на место удаленного куска пишется по сути мусор - то, что удаляли, например, или кусок хвоста текста. Если делать то же самое на "локальном" диске виртуалки, то все нормально. Замечу, что стандартный Notepad такой проблемы не имеет и удаляет все нормально.
Может, это связано с логикой работы сетевых дисков в винде под VirtualBox? Она не отслеживает изменение FS на нем, т.е. если, например, файл перезаписать или просто создать новый, то список файлов в каталоге сам не обновится, только принудительно через F5.
Жаль, в общем, что есть такой трабл

Может, можно, победить его?