Если в редакторе открыт файл в utf-8, и сторонней программой из файла был удалён BOM, при повторном чтении в окне пропадают первые два значимых символа (очевидно, редактор считает их за BOM не проверяя). F5 (reopen) не помогает, только закрыть файл и открыть снова.
Не думаю, что это корректное поведение.