Попробуйте переназначить ассоциации файлов ("Настройки -> Реестр -> Изменить)". Сначала снять галочку, нажать ОК. Потом опять поставить галочку, нажать ОК.
Сам file.bat открывается без галочки как и file.bat.lnk (ссылка), но если в параметрах file.bat.lnk (ссылка) установить запуск свёрнутым то и редактирование тоже открывается свёрнутым!